На оффициальном сайте появилась новая версия инcтрументов для нативной разработки Android NDK r8e.
По информации отсюда, там появились приятные вещи в виде поддержки std::thread и лямбда функций.
Я еще не проверял, но если это так, то это просто прекрасно 
Полный change-log можно посмотреть тут.
PS: баг с ndk-clean можно пофиксить как описано тут.